Основной специализацией санатория Машук Аква-Терм являются болезни верхних и нижних дыхательных путей, органов пищеварения и желчевыводящей системы, нарушения обмена веществ и эндокринные патологии, заболевания опорно-двигательного аппарата, костно-мышечных и соединительных тканей. Оснащение лечебно-диагностической базы позволяет проводить диагностику, профилактику и лечение патологий в урологии, гинекологии, педиатрии, кардиологии, онкологии.
На базе санатория разработаны и успешно применяются как программы общего направления, так и узкоспециализированные. Насчитывается 24 лечебно-восстановительные программы. Среди наиболее востребованных можно выделить курс «Антитабак», направленный на избавление от такой пагубной привычки, как курение. В узконаправленной программе «Антистресс» применяется бальнеотерапия, SPA-процедуры, элементы восточной медицины. Пациенты, страдающие нарушением сна, приступами тревожности и недостаточностью кислородного питания клеток мозга, могут принять участие в программе лечения «Улучшение сна, памяти и внимания».
Отличительной особенностью санатория является широкий перечень программ экспресс-диагностики. Длительность диагностики - не более 2 дней. К вниманию гостей предлагаются программы check-up для пациентов после 50 лет, урологической и гинекологической направленности, в области кардиологии и онкологии.