Основное направление медицинской деятельности в санатории Руно - лечение и профилактика заболеваний опорно-двигательного аппарата, мочеполовой системы у мужчин и женщин - в том числе в урологической и гинекологической сфере, нарушений в работе центральной и вегетативной нервной системы. В качестве сопутствующего профиля отпускается лечение болезней пищеварительного тракта, кожных заболеваний и аллергических проявлений, патологий верхних органов дыхания, нарушений обмена веществ, болезней периферических кровеносных сосудов.
Для лечения широко используются природные ресурсы - минеральные воды, лечебная грязь со дна озера Тамбукан, климатические факторы. В комплексе применяются различные виды физической нагрузки, ЛФК, аппаратная физиотерапия, диетотерапия, аэрофитотерапия, гидропатия, ингаляции, гинекологические и урологические процедуры, массаж, иглорефлексотерапия, карбокситерапия, озонолечение, психотерапия, ВЛОК, спелеотерапия. На базе городской радонолечебницы для пациентов санатория отпускаются процедуры с применением радона.
Пациенты могут пройти лечение в рамках базовой, специализированной и оздоровительной санаторно-курортной программы. Минимальная продолжительность курса по профилю - от 14 дней.