Основная специализация санатория Шахтер - лечение и профилактика заболеваний гастроэнтерологического типа и сахарного диабета. Оснащение лечебно-диагностической базы позволяет проводить терапию таких заболеваний, как грыжи пищеводного отверстия диафрагмы, хронические формы гастрита, рефлюкс-эзофагиты, язвенная болезнь желудка и 12-перстной кишки, постгастрорезекционный синдром, патологии желчевыводящих путей, болезни почек, печени. Помимо сахарного диабета, лечится нарушение толерантности к глюкозе средней и легкой тяжести.
Сопутствующий профиль здравницы - болезни органов дыхания и ЛОР-органов, нарушения обмена веществ, гинекологические и урологические патологии, заболевания сердечно-сосудистой и нервной систем, аллергические проявления, болезни опорно-двигательного аппарата.
Лечебно-оздоровительные процедуры отпускаются в рамках специализированных, санаторно-курортных и оздоровительных программ - «Гастроэнтерологическая» для взрослых и детей, «Лечение сахарного диабета», «Антистресс», «Спа-тур», «Укрепление иммунитета», «Дыши полной грудью», «Движение без боли». Специалистами санатория разработаны и успешно применяются и реабилитационные программы - после перенесенного COVID-19 и после онкологических заболеваний.
Методы терапии включают в себя процедуры бальнеолечения, пелоидотерапии, климатотерапии, аппаратной физиотерапии. Также назначаются различные виды орошений и массажа, ВЛОК, озонотерапия, гидропатия, ингаляции, карбокситерапия, индуктометрия, ударно-волновая терапия, криосауна, лазеротерапия, ЛФК, SPA - процедуры, подводное вытяжение позвоночника, спелеотерапия, проводится гигиена кишечника.