Лечение и оздоровление в Центральном Военном Санатории в Ессентуках проводится по профилям: пищеварительная система, нарушения обмена веществ, эндокринная система (в том числе сахарный диабет), центральная, периферическая и вегетативная нервная система, опорно-двигательный аппарат, урологические и гинекологические заболевания, болезни мочеполовой системы у мужчин и женщин.
Ессентукский Военный Санаторий предоставляет отдыхающим обширную диагностическую базу. Помимо стандартных исследований, проводятся специальные - например, суточное мониторирование уровня глюкозы в крови.
Методы оздоровления и лечения основаны на применении природных факторов, при этом комплексно применяются и новейшие достижения в области аппаратной медицины. Есть собственная грязелечебница и водолечебница. В здравнице доступно два вида баротерапии - гипербарическая и нормобарическая оксигенация. Комплексно назначаются процедуры бальнеотерапии, гидропатии, пелоидотерапии, ЛФК, фитотерапии, оксигенотерапии, климатотерапии, гинекологические и урологические процедуры. Обязательно употребление минеральной воды внутрь, соблюдение диеты.
Лечебно-оздоровительные процедуры отпускаются в рамках специализированных программ, которые имеют узкую направленность по профильным заболеваниям.